1 сентября 1939 года Германия нападает на Польшу. Во время войны число арестов по 175 параграфу снижается: мужчины нужны на фронте. Многие осужденные за гомосексуальные отношения добровольно или по призыву идут в армию. В концлагерях, по разным данным, во времена Третьего рейха оказались от пяти до пятнадцати тысяч геев и бисексуальных мужчин. В лагерной иерархии они находятся на низших ступенях и подвергаются самому жестокому обращению. А еще они часто пребывают в изоляции: другие узники их избегают. Точное количество заключенных с розовым треугольником, погибших в концлагерях, неизвестно до сих пор.
Трансгендерная идентичность чаще всего рассматривается как отягчающее обстоятельство. Трансгендерные женщины, например, во многих случаях сталкиваются с более суровыми приговорами, чем гомосексуальные мужчины. Все «удостоверения трансвеститов», выданные в Веймарской республике, давно аннулированы.
Намного меньше сведений у ученых о лесбиянках, бисексуальных женщинах и трансгендерных мужчинах (о последних их вообще почти нет). Поиски информации затрудняет тот факт, что в лагерных документах таких заключенных, как правило, нет указаний на их сексуальную ориентацию и гендерную идентичность, — как не было и законов, которые бы санкционировали их преследование, и нашивок, которые позволяли бы точно их идентифицировать. Известно, впрочем, что для преследований использовались другие поводы: лесбиянки и бисексуальные женщины оказывались в лагерях за «асоциальный образ жизни», за контакты с иностранками и иностранцами, за отказ работать или за выступления против Volksgemeinschaft — «народного единства». Часто женщины становились жертвами доносов со стороны коллег, друзей или соседей.
Уже в наше время начались исследования биографий заключенных-лесбиянок, которые содержались в крупнейшем женском концлагере Равенсбрюк. В результате удалось документально подтвердить случаи убийства женщин именно на основании их гомосексуальности. Также установлено, что в самом лагере сексуальные и романтические отношения между женщинами были криминализованы.